自 2004/7/30 起
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台北總院整修工程，在不影響目前醫療品質的考量下，於二○○四年陸續動工。台北院區之醫療使用空間也重新規劃，完工後過度飽和的空間獲得紓解，整體就醫環境品質亦大為提升。

淡水院區門急診醫療大樓將於二○○七年下半年完工，這棟座落於淡水河畔的大樓，配合藝術造景設計，將成為公園化的院區，病人將可享受高品質的醫療服務與住院環境，醫學院學生也將擁有良好的臨床實習場所。同時亦將規劃興建馬偕醫學博物館，把相關歷史文物有系統地呈現，提供社區民眾緬懷先賢及瞭解醫療科技之演進。

為照顧員工福利及提高員工士氣，本院也擬於淡水院區規劃員工休閒育樂措施及員工幼稚園，再加上馬偕醫學博物館、馬偕紀念公園之規劃，將能提供本院員工完整且多元化之工作場所。

國外宣教工作目前以泰北山區阿卡族部落做為宣教區；阿卡族是一群無國籍、無身分、貧窮，並受毒品所苦的少數民族，本院將持續協助總會及北大在當地進行醫療傳道事工，初期目標將致力於改善公共衛生及護理，宣教人員的訓練，未來仍將持續組織短期醫療宣教隊前往支援。

台灣第一所基督教醫學院——「馬偕醫學院」，校址在台北縣三芝鄉，佔地十九餘公頃，規劃可招收二千位學生，師生比及建築規模定位於全國中上程度，初期規劃四學系三研究所，分別是醫學系、護理系、聽語系、醫務管理學系、臨床醫學研究所（博士班）、護理學研究所、醫事技術學研究所。醫學院籌設工作目前校地已取得雜項執照，籌設計劃書亦在教育部審核中，預計於二○○八年招生，所需總經費為新台幣六十二億元。未來將延續本院身、心、靈全人醫治及馬偕護專不畏艱辛培育愛心護理人員之優秀傳統，結合臨床、教育、研究三者相輔相成，為促進全民健康而努力，以創建台灣醫學新氣象。