馬偕紀念醫院胸腔內科,提供肺部各方面疾病的診斷與治療,包含咳嗽、慢性阻塞性肺病、氣喘、支氣管擴張症、 肺部感染(肺炎、肺結核)、戒菸、肺癌、重症醫療及呼吸睡眠障礙等;其他檢查治療包含胸腔超音波、支氣管鏡檢查、肺功能檢查、呼吸復健運動以及睡眠檢查。