光復前的醫師無明顯分科制度,只有偏外科或內科,等於現在的全科醫師。光復後,本院眼科醫師多半由開業醫師來院兼任。根據紀錄,光復後曾於本院服務的眼科醫師如下:顏阿惜醫師、陳嘉德醫師、黃榮輝醫師、Dr.VamUs (捷克籍)、陳德照醫師、周秀娥醫師、林益光醫師、謝芬蘭醫師、陳慕師醫師。

黎明主任於西元1947年7月至1986年6月於本院眼科服務,在克難時期中提高醫術並奠定穩固之基礎,為本院眼科第一位專任醫師。那玉醫師於西元1972年7月至1976年10月於本院眼科服務。 西元1979年7月由台大醫院聘請吳愛卿主任(專長:視網膜疾病)至本院服務後,眼科業務量開始擴展。西元1983年丘子宏主任(專長:眼角膜疾病)與謝瑞玟主任(專長:青光眼疾病)先後至本院服務。謝瑞玟主任將視神經纖維層的眼底檢查,應用於青光眼的診斷與追蹤。丘子宏主任在路易斯安那州立大學進修後引進epikeratophakia技術。在這些前輩們的努力下,本院眼科逐年茁壯。

本院於西元1980年代末期開始進行白內障超音波水晶體乳化手術,小切口手術避免了傳統囊外摘除的大切口。西元1988年方憲瑞醫師於本院首先進行玻璃體切除手術,其後深耕台東,於台東分院主任期內,提升當地眼科的醫療水平且於西元1991年在此成功地舉辦了地方醫學會。康孟喆主任於西元1988年至馬偕服務,1992年至美國南加大眼科醫院進修眼窩腫瘤及整形重建手術,為本院眼整型科奠定基礎,其後,吳鑑修醫師也於西元2006年至此處進修,本院眼整形科於此更趨完備。

鄭惠川主任於英國布里斯托爾大學取得眼科碩士學位,於西元1997年赴美短期進修後將近視雷射手術引進本科,為全台第一間臨床近視雷射的醫學中心。同年,陳立仁主任從美國密西西比大學醫學中心進修回國,本院玻璃體切除手術逐漸成型與穩固。曹友平醫師於西元2003年11月至本院任職,臨床業務之外也投入了許多心血於基礎研究上,並展現不凡的成果。

本科歷史悠久,以醫療教學為目的。台北門診區目前擁有一般門診五間、門診手術室、視野檢查室、眼底攝影室、雷射治療室、弱視及斜視訓練室、角膜內皮細胞檢查室、眼電氣生理檢查室和超音波室各一間。淡水院區於近年來規模陸續擴展中,相信可提供淡水區的居民更完整的服務。目前科內編制有專科主治醫師十七人,各級住院醫師五人。主治醫師專長涵蓋各個次專科領域,分為視網膜科、青光眼科、眼角膜科、眼窩整型科、小兒眼科及斜弱視科和葡萄膜炎科。

此外,也成立低視能科提供低視力病人視力訓練重建服務。目前正持續從各方面努力發展中。本科醫療技術與國內外知名眼科機構相比毫不遜色,以提供最新最好之醫療技術為病人服務、服務弱勢病人為己任,每年都有眼科專科醫師支援本島山地偏遠地區及離島醫療,更有國際醫療團定期至斐濟,吉里巴斯等地區服務。 未來展望方面,當今的馬偕醫院並未以成為醫學中心而自滿,作為具有百年歷史的教會醫院,素以醫療傳道,強調身、心、靈之全人醫療,為創院一貫之使命與宗旨。馬偕眼科將積極發揮醫學中心的功能,提供更為優質的醫療照護。