本院小兒科成立於民國48年,至今恰好屆滿50週年。多年來秉著馬偕博士的精神,以服務、醫療與傳道為宗旨。從民國54年起,開始肩負台北醫學大學、高雄醫學大學及往後之中國醫藥大學、中山醫學大學、陽明大學以及長庚大學等之見、實習醫師的教學任務;近幾年更進一步重視研究發展以提升學術水準。由於逐年來病床的增加,設備的更新與添置,人才的培植及延攬,早已是國內最具規模的小兒科之一。


目前科內細分為新生兒科、小兒血液腫瘤科、小兒過敏免疫科、小兒神經科、小兒感染科、小兒腎臟科、小兒腸胃科、小兒心臟科、小兒內分泌科、小兒遺傳科、兒童急重症醫學科、兒童急救加護醫學科共十二個次專科;每一次專科均有完整的醫療團隊。另有小兒外科、小兒心臟外科、小兒放射科、小兒骨科、小兒耳鼻喉科、小兒眼科、小兒精神科主治醫師,於各個專科領域和本科密切合作,給予本科極大協助。


台北及淡水院區現共有病床264床,從民國76年起,台東分院兒科成立,現共有病床39床。小兒科主治醫師長期派駐,加上輪派的住院醫師,提供東部兒童的醫療照護,尤其是急重症的醫療服務,為東部地區兒童醫療中心。民國91年起,新竹分院兒科成立,現共有病床65床。提供了24小時兒科醫師診療的兒童急診醫療服務,承擔了新竹地區大部分的兒童急診醫療。並且設立了新竹地區唯一的兒童加護病房,購置竹苗地區唯一的高頻震盪呼吸器、吸入性一氧化氮機,提供高品質的重症醫療,特別是在早產兒照顧部分。而且目前是新竹地區唯一的腸病毒重症後送醫院。本科共有共有主治醫師44位 (包含台北院區27位、淡水分院7位、新竹分院7位和台東分院3位主治醫師 ),住院醫師54位,此外也代訓其他醫院派來的醫師。正式建教大學為台北醫學大學、中國醫藥大學、陽明大學。


本科日常醫療工作主要可分為門診及病房兩大方面。門診工作包括普通門診、健兒門診、專科門診與24小時服務的急診,且兒科急診自96年起,由兒科主治醫師24小時駐診服務,全面提升兒科醫療與教學訓練之品質。病房工作分為嬰兒室、新生兒病房、兒童病房、新生兒加護病房、小兒加護病房與小兒外科病房加護病房設有專責主治醫師,以提升醫療服務品質。本科為全國首先專設危險病兒轉送制度之小兒科,派資深住院醫師到婦產科醫院,急救高危險新生兒,並轉送來院治療。


本科本著照顧弱勢族群的使命,參與偏遠山區兒童醫療服務。目前定期派遣兒科醫師深入偏遠山區巡迴醫療,包括新竹尖石鄉、五峰鄉、司馬庫斯等,並支援台東太麻里的兒童衛生醫療照護工作,綠島、蘭嶼之學童健檢,金山醫院的定期兒童門診醫療,服務偏遠弱勢族群。亦相當著重特殊兒童醫療服務。包括民國68年成立全台第一個新生兒加護病房,民國69年率先開始早產兒外接轉送工作,民國81年本院發起創設早產兒基金會,將服務對象擴展至全台。民國84年起投入早產兒的發展追蹤工作,並於民國88年獲選為早產兒基金會的早產兒醫療訓練中心,目前是台北地區低出生體重早產兒照護人數最多的中心。本科亦為為兒童癌症醫療重鎮,多年來致力於兒童癌症的研究與醫療,民國82年起主導TPOG(Taiwan Pediatric Oncology Group)急性淋巴性白血病治療方案之制定,大大提升治癒率,全國的治癒率由1997年的55%提升至目前的71%,而在本科部團隊的合作下,治癒率為83%,達國際水準。而急性骨髓性白血病的治療亦居領導全國地位,治癒率為61%,高於全國的54%。積極推動罕見疾病兒的醫療照顧,提供罕見疾病兒完善的醫療照護,深獲肯定,服務人數為全國第一,尤其是黏多糖症、普瑞德-威利氏症、玻璃娃娃;並榮獲衛生署「罕見疾病報告績優醫院獎」,民國94年為全國第一,95年為全國第二。其他如小兒心臟科執行國內首例的「經靜脈植入心室同步節律器(CRT-ICD)」、兒童糖尿病照護團隊首創「24小時連續血糖監測系統」;早期療育照護、膽道閉鎖病童的醫療照護,以及兒虐、性侵的照護與通報等,均貢獻良多。