本院新生兒科的發展，隨著世界潮流以及醫學的進步，在過去30-40來有很大的進展。從一開始基本的新生兒照顧，逐漸發展出早產兒以及重症新生兒的照護。

以下是本科自草創至今的重要記事：

1972年	由當時小兒科蔡炳照主任設立新生兒病房。
1974年	何文佑醫師由加拿大回台灣，進入馬偕醫院服務,為小兒科帶來更新的新生兒醫療知識，此時新生兒病房開始使用小兒呼吸器來治療早產兒呼吸窘迫。
1976年	林尊信醫師自美國回台灣，在馬偕小兒科服務的一年中，教導大家臍動脈導管放置技術，引進經鼻式持續呼吸道正壓；同時新生兒加護病房也在當時黃富源主任的推展之下成立，成立最初只有七床，但是已有可移動型X光機，全天可做血液氣體分析的設備，此時馬偕醫院的新生兒科在早產兒的醫療有了進一步的發展。
1981年	新大樓啟用，新生兒科進入新紀元，新生兒加護病房增為31床，另外有111床的新生兒中重度病床；黃富源醫師、高信安醫師、許瓊心醫師及洪漢陽醫師，陸續赴美研習新生兒學回來，對於新生兒特別是早產兒的醫療更為完整。
1981年	因應新生兒轉診的重要性，購置輸送型保溫箱，並與開業婦產科聯繫，宣導新生兒醫療的新知識，強調高危險新生兒轉診時先給予穩定性急救的重要性。從此建立全天候外接轉診制度，只要婦產科醫師有需要轉診的新生兒病例，可以直接打電話到新生兒加護病房連絡，並由資深住院醫師進行轉診工作，在轉診醫師未到達之前，也會視病人情況，在電話中先請婦產科醫師給予氧氣，保溫等初步的處置。經由轉診制度及與婦產科醫師的溝通，改善新生兒的緊急醫療，提升新生兒病患的存活率。
1995年	與早產兒基金會及新生兒醫學會合作，開始推展極低出生體重早產兒之追蹤門診，以期及早發現其生長發育的問題，儘早進行介入治療。
1999年	成為早產兒基金會之五家早產兒醫療訓練中心之一，以提昇相關醫療照護品質，並提供院際交流與學習及醫療團隊人員教育訓練。
2001年10月1日	評定為母嬰親善醫院。
2004年11月	為提高新生兒的照護品質，新生兒加護病房全面整修並將床位調整為23床。
2004年12月	成為台北市衛生局新生兒轉診責任醫院。
2006年7月	設置新生兒加護病房專責主治醫師，由許瓊心醫師擔任，2007年張瑞幸醫師亦加入，使本院新生兒加護病房擁有兩位資深的新生兒科主治醫師專責照顧高危險新生兒，對病人的醫療照顧及住院醫師的教學都有所助益。
2009年	本院經周產期緊急醫療網審查合格為新生兒高級轉診責任醫院。
2011年	本院早產兒照護團隊獲2011年瑞信兒童醫療基金會兒童醫療貢獻獎醫療團隊獎項。