本院自始就是「醫療傳道」並行的醫院，「傳道」部份大致可分為三大時期：

第一時期：1872年∼1911年

在這期間，馬偕博士所栽培的學生，也跟隨著他的腳蹤，一起背負起這重大的使命。另有一位特別值得一提的，就是馬偕博士在傳道後期，有一位宣教師- 吳威廉博士及其師母，也全力協助馬偕博士推動傳道事工。

第二時期：1912年∼1956年（即偕醫館從淡水遷移台北至光復前）

主要是由院長本身、院長夫人和護士宣教師擔任。他們早晚帶領全體員工禮拜，嚴格地執行基督教醫院的特色。這一段時間，另有一些附近的教會傳道師（如：雙連、士林、大稻程教會）和女宣道會派「宣道婦」來本院協助及探討患者之事工。在這期間，第5屆北部大會提出「私立馬偕紀念醫院章程」與「馬偕醫院職員服務章程」，並為要強化醫院內宗教活動，於1951年派傳道師胡茂生駐院主持馬偕醫院傳教部工作。1952年胡茂生傳道師轉任頭城，傳道局另派許憲宗宣道師繼任。另外，女宣道會亦派「宣道婦」來本院協助探討病患之事工。

第三時期：1957年至今

牧師由院長推薦，經董事會聘任之。1957年的3月聘請陳惠昌牧師為首任駐院牧師，1960年4月10日林寶祥牧師到任，之後，開始陸續聘請牧師來院擔任院牧，參與傳道事工。此期間也招考具有傳道使命的教育士(現稱「關懷師」)共同關懷員工及病患。

本院創設的宗旨，是要以基督救世之博愛精神，使患者得到肉體、精神、心靈完整的醫治（Total Healing），以達到醫療傳道的使命。

   人在病痛的時候，不只肉體經歷痛苦，心理也常因經濟壓力、社會關係疏離、身體變異生活重新適應等因素而感到不安；甚至疾病也會衍生對死亡的惶恐、感到人生無意義、絕望等複雜的心靈困擾。因此，教會醫院的特色之一，就是透過醫療團隊密切合作，積極關懷病患在病痛當中所面臨的各種困難與痛苦，並遵循耶穌基督「愛人如己」的教誨，使病患及家屬無論肉體、精神、心靈各個層面，都獲得完整的醫治(Total Healing)

　　院牧部是一群受過神學、心理學及輔導專業訓練的人員所組成的團隊，院牧人員本著醫院創設之宗旨，與醫護人員密切合作，共同為患者服務，一方面致力於病患心理、靈性的關懷；一方面早期醫院的院牧事工大都由宣教師夫婦、院內基督徒員工、教會的宣道婦或是在醫院接受信仰的病患共同參與。他們會在門診前，向候診的病患傳講信息；在病患，以佈道或個別探訪的方式向病患傳福音；在院舍中庭，則以詩歌、樂器，向病患及家屬舉辦音樂佈道。為落實更完整的醫

療傳道事工，醫院於1950年成立宗教部（1976年改為院牧部）。

◎院牧部的組織與人員編制

¨      院牧部主任—1名       秘  書1名

¨      台北院區—牧師4名     關懷師8名        事務員1名

¨      淡水院區—牧師3名     關懷師7名        事務員1名

¨      協談輔導室—主任1名〔院牧兼任〕   諮商心理師3名   事務員1名

◎院牧部的事工

¨      牧關教育中心—

  病患關懷事工策劃〔一般.特別關懷〕、牧會關顧臨床教育訓練〔C.P.E.〕、

  關懷義工的組訓、走動服務推廣、牧關簽約教會推廣、院牧在職教育、

  安寧療護照顧教育事工、團契事工〔醫師、原住民、淡護契〕

¨      員工關懷中心—

  員工信仰造就、全院禮典事工、員工綜合禮拜、節期特別事工、全院靈修會、

  慕道班、查經班、婚喪喜慶關懷〔同仁慰問金〕、增長小組推展、團契事工

  〔北護契、淡聖歌隊〕

¨      宣教傳播中心—

傳播事工策劃、院史館、國外宣教〔泰北阿卡〕、門診佈道、團契事工〔北淡聖歌隊〕

¨      協談輔導中心—

平安線、個案協談、成長團體、學生諮商訓練、對外輔導訓練