社區暨成癮防治科主要負責業務為：慢性精神病人社區復健、居家治療、庇護性就業、支持性就業、物質及行為成癮治療及司法精神鑑定業務。此外本科目前承接多項政府委託服務計劃，包含就業服務及戒癮方案，希望能為病人提供全方位的精神復健治療，減少功能退化及增進其與社區的連結。

本科在台北馬偕醫院設有喜樂工作坊（庇護工場），提供慢性精神病人於社區就業的服務，此一業務自2013年起已經連續6年榮獲台北市勞動力重建運用處評鑑優等，深獲各界好評。淡水馬偕醫院則設有日間照護中心，秉持以病人為中心的日間照護服務，透過個別生活訓練、服藥訓練、工作能力訊練、社交技巧訓練、家庭關係強化等復健服務來協助病人復原。同時淡水馬偕醫院的沐陽工作坊（庇護工廠）及新北市身心障礙支持性就業計劃，更為精神障礙者提供工作機會，而沐陽工作坊也因此獲得評鑑甲等的肯定。居家治療服務團隊的定期訪視則為無法規則返診的嚴重精神病人並減少病人再住院的風險，成效卓著。此外本科也接受各級司法機關的委託，對於民刑事案件及成人監護個案，提供專業的司法精神鑑定，協助法官在審理相關案件上可以得到更多專業上的資訊。

近年來備受重視的成癮防治工作，也是本科的工作重點，本科在2019年取得第一批成癮專科訓練機構的認證，也是少數被認證的醫學中心之一，已經可以獨立訓練成癮專科醫師，也積極發展不同成癮問題的治療模式。此外也承接多項服務計劃，並透過與其他藥癮治療示範中心的合作，可為物質成癮病人提供更優質的醫療服務。而和本院自殺防治中心提出的「監理站酒駕者轉銜醫療模式建構計劃」更獲得國民健康署的優等獎的肯定。慢性精神障礙病人及成癮障礙的病人，比起一般的病人，更容易受到社會的偏見和歧視。我們的團隊希望能為這些受到精神障礙或成癮問題困擾的病人及家庭，提供更好的醫療品質及服務，能夠邁向真正的復原之路。