| 2014 | 「財團法人臺灣基督長老教會馬偕紀念社會事業基金會馬偕兒童醫院」獲臺北市衛生局查核符合規定准予開業並獲衛生福利部評核評定為「兒童醫院評核合格（醫學中心）」。 |
| 2014.08.19 | 小兒科許瓊心醫師獲同濟會全國兒童守護天使肯定。 |
| 2014.10.13 | 馬偕兒科團隊獲推薦「2014小兒科好醫師」。 |
| 2015.01.06 | 獲新生兒「聽力篩檢」及「確診」雙項績優肯定。 |
| 2015.10 | 小兒部資深主治醫師黃富源教授榮獲「第二十五屆醫療奉獻獎」。 |
| 2016.04 | 通過105年度醫學中心暨兒童醫院評鑑。 |
| 2016.10.19 | 馬偕兒科團隊獲推薦「2016小兒科好醫師」。 |
| 2016.12.19 | 獲105年度聽力篩檢確診績優醫院。 |
| 2017.01.06 | 獲「兒童發展篩檢疑似異常通報轉介績優獎」。 |
| 2017.11.10 | 精神醫學部兒童青少年心智科主任劉惠青醫師獲「106年臺北市政府早期療育跨專業服務績優團體暨人員表揚」。 |
| 2018.10.03 | 李宏昌副院長榮獲第26屆「杏林獎」。 |
| 2018.10.03 | 戴裕霖醫師榮獲臺北市醫師公會第7屆「青年杏林獎」。 |
| 2018.10.11 | 馬偕兒科團隊獲推薦「2018小兒科好醫師」。 |
| 2019.07.23 | 邱南昌主任榮獲「衛生福利部108年衛生福利獎章」三等獎。 |
| 2019.10.14 | 林炫沛醫師榮獲「第二十九屆醫療奉獻獎」。 |
| 2020.1.2 | 獲108年度新生兒聽力篩檢績優評選獎勵計畫績優。 |
| 2020.2.25 | 小兒血腫醫療照護團隊榮獲「國家生技醫療品質獎－銀獎」。 |
| 2020.10.13 | 邱南昌主任榮獲第28屆「杏林獎」。 |
| 2021.02.04 | 獲109年度新生兒聽力篩檢績優評選獎勵計畫績優。 |
| 2021.04.19 | 耳鼻喉科李國森醫師榮獲「兒童醫療貢獻獎」。 |
| 2021.09.20 | 兒童心臟科資深主治醫師陳銘仁，獲選為第29屆「杏林獎」。 |
| 2021.10.29 | 兒童神經科陳慧如醫師榮獲「第十二屆早期療育棕櫚獎」。 |
| 2021.12.13 | 獲110年度新生兒聽力篩檢績優評選醫院及聽力確診績優評選兩大獎項。 |
| 2022.08.18 | 小兒外科資深主治醫師王念陸及兒童神經科主任何啟生醫師，榮獲臺北市醫師公會「第30屆杏林獎」。 |
| 2022.09.05 | 兒童重症醫學科彭純芝主任榮獲臺北市醫師公會111年「防疫貢獻獎」。 |
| 2022.11.01 | 新竹市立馬偕兒童醫院正式開始營運。 |
| 2022.12.15 | 獲111年度新生兒聽力篩檢績優評選獎勵方案、醫院組：聽力篩檢績優評選及聽力確診績優評選肯定。 |
| 2023.01.01 | 通過衛生福利部國民健康署「青少年親善機構認證」。 |
| 2023.03.03 | 榮獲「SNQ國家品質標章認證」。 |
| 2023.04.25 | 馬偕兒童醫院榮譽顧問醫師黃富源，獲贈馬偕紀念醫院「醫德卓越獎」肯定。 |
| 2023.09.22 | 陳偉燾醫師榮獲臺北市醫師公會「第31屆杏林獎」。 |
| 2023.09.22 | 林彥臻醫師榮獲臺北市醫師公會「第12屆青年杏林獎」。 |
| 2023.10.16 | 與台灣永續能源研究基金會簽署「醫院永續發展倡議書」實踐ESG，訂每年10月16日為「馬偕ESG日」。 |
| 2024.04.02 | 兒童重症醫學科彭純芝主任榮獲臺灣兒科醫學會113年「兒科醫學教育貢獻獎」。 |
| 2024.04.02 | 李宏昌榮譽主治醫師榮獲臺灣兒科醫學會113年「臺灣兒科醫學會獎」。 |
| 2024.08.14 | 盧宜安醫師榮獲臺北市醫師公會「第13屆青年杏林獎」。 |
| 2024.08.14 | 劉希哲主任榮獲臺北市醫師公會「第32屆杏林獎」。 |
| 2024.10.17 | 線上兒童發展智能評估ONE系統，榮獲2024年（第25屆）國家醫療品質獎智慧醫療類競賽【智慧解決方案組】社區健康（含長照）領域「標章」。 |
| 2025.01 | 榮獲臺北市衛生局「113年度臺北市0~6歲兒童發展篩檢」，績優醫事機構－醫學中心第一名。 |
| 2025.01 | 榮獲113年度新生兒聽力篩檢績優評選獎勵方案，「聽力篩檢績優評選大能量組」、「聽力確診績優評選」。 |
| 2025.01 | 榮獲113年度提升臺北市周產期高風險孕產婦（兒）追蹤關懷品質獎勵計畫案：「服務達標獎」。 |
| 2025.08 | 美國《Newsweek》新聞周刊與全球數據研究機構Statista合作發布「亞太最佳專科醫院」排名，其中兒童專科醫院類別，馬偕兒童醫院為國內唯一入選之兒童醫院。 |
| 2025.08 | 馬偕兒童醫院副院長楊崑德，榮獲台北市醫師公會第33屆「杏林獎」。 |
| 2025.09 | 兒童一般外科主治醫師黃萱、兒童心臟科主治醫師陳宇萱，榮獲台北市醫師公會第14屆「青年杏林獎」。 |
